Gráfico con dos ejes Y

# Generando datos artificiales
set.seed(001)                # Esto hace reproducible el ejemplo
y1 <- rnorm(100)             # extracción de números aleatorios de una N(0,1)
y2 <-100 +  rnorm(100,50, 6) # creación de otra variable aleatoria

# Haciendo el gráfico 1
plot(lowess(y2),             # Valores a graficar
     type="l",               # pinta líneas en el gráfico
     col="red",              # color rojo para la línea
     bty='l',                # para no pintar línea superior en la 'caja' del gráfico, vea '?box'
     main='Gráfico con dos ejes Y',  # Título 
     ylab='', xlab='',       # no etiquetas en los ejes
     las=1,                  # números de los ejes correctamente girados
     cex.axis=.75)           # tamaño de los números de los ejes

# Haciendo el segundo gráfico y agregándoselo al anterior.
par(new=TRUE)                # permite sobreimponer un gráfico al anterior

plot(y1^2,
     type="l", 
     col="blue", 
     bty='n',                # evita superponer líneas en la 'caja' del gráfico, vea '?box'
     xaxt="n",               # sin números el eje x, esto se hará luego con 'axis'
     yaxt="n",               # sin números el eje y, esto se hará luego con 'axis'
     xlab="", ylab="", 
     cex.axis=.75)

axis(4, las=1, cex.axis=.75) # pinta el eje que hace falta

legend("topright",           # ubicación de la leyenda 'parte superior derecha'
       legend=c("y1","y2"),  # contenido de la leyenda
       col=c("red","blue"),  # colores de líneas
       lty=1,                # tipo de línea: línea sólida
       cex=0.8,              # tamaño del contenido de la leyenda
       bty='n')              # sin cuadro que rodee a la leyenda.